比较转录组分析揭示了两个花发育过程中花毛的发育GydF4y2Ba金发氏粳稻GydF4y2Ba研究。使用RNA-SEQ的栽培品种GydF4y2Ba

背景GydF4y2Ba

金发氏粳稻GydF4y2Ba研究。（GydF4y2Ba金银花GydF4y2Ba)具有清热解毒、广谱抗菌、抗病毒等功能。70%以上的抗炎感冒药中成药含有GydF4y2Ba金银花GydF4y2Ba．毛状体包括专用的多细胞结构，其具有合成和分泌次级代谢物并保护植物免受生物和非生物应激的能力。培养的分泌物的提取具有很大的商业价值。然而，关于毛状体形成机制很少熟知GydF4y2Ba金银花GydF4y2Ba．因此，对不同品种之间的培养体发展的研究为选择合适的种植资源提供了基础。GydF4y2Ba

结果GydF4y2Ba

在这里，我们在两个之间提出了一个基因组 - 宽的比较转录组分析GydF4y2Ba金银花GydF4y2Ba栽培品种，朝着开花阶段培养的生物过程和功能基因活性的鉴定。在该研究中，在三个绿色时段期间，花毛细胞的密度和平均长度最高（S2）。使用Illumina RNA-SEQ方法，我们获得了134,304个unigenes，其中33,733次差异表达。在分析40种涉及培养体发育的差异表达的unigenes（Degs）中，其中29种是转录​​因子。植物激素信号转导的DEGS分析表明，植物生长和发育可以与嗜酸甘油蛋白（GA）和细胞胆管（CTK）信号传导途径无关，并且植物应激可以与茉莉酸（JA）和乙烯（ET）信号传导途径无关。我们筛查了涉及花香，口味，颜色和植物激素的花卉生物合成的几个基因，以及筛窦萜类化合物，三萜，单萜类化合物，黄酮类化合物和植物激素的拟议生物合成途径。此外，将82℃分配给细胞循环，并且预测植物抗性基因（PRGS）。GydF4y2Ba

结论GydF4y2Ba

本研究提供了在七个发展阶段期间的花发育表达谱的全面表征GydF4y2Ba金银花GydF4y2Ba，从而对花发育背后的分子网络提供了有价值的见解GydF4y2Ba金银花GydF4y2Ba．GydF4y2Ba

金发氏粳稻GydF4y2Ba研究。（GydF4y2Ba金银花GydF4y2Ba）是一种广泛使用的中药，可用于食物和药物[GydF4y2Ba1GydF4y2Ba]．GydF4y2Ba金银花GydF4y2Ba在大约1/3的中药制剂中注入，也广泛用于医疗保健品，化妆品，食品和更多[GydF4y2Ba1GydF4y2Ba]．干蕾芽或开花构成中药的药物成分GydF4y2Ba金银花GydF4y2Ba，用于预防和治疗严重急性呼吸系统综合症、H1N1流感和手足口病[GydF4y2Ba2GydF4y2Ba]．药理研究也证明了这一点GydF4y2Ba金银花GydF4y2Ba花具有抗菌，抗炎，抗癌，抗糖尿病，抗氧化和抗病毒性质，以及各种其他药理作用[GydF4y2Ba3.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba5.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba6.GydF4y2Ba]．因此,GydF4y2Ba金银花GydF4y2Ba被称为“植物抗生素”[GydF4y2Ba7.GydF4y2Ba];其适应性非常强大，它广泛分布在全国范围内[GydF4y2Ba7.GydF4y2Ba]．但是，产量和质量GydF4y2Ba金银花GydF4y2Ba在河南和山东省的凤川是最高的。一个新的GydF4y2Ba金银花GydF4y2Ba（Yujin 1.）was selectively bred by our research group from the main cultivar of Fengqiu ‘Damaohua’, which possesses the attributes of large buds, high yields, strong resistance, and a high content of active elements (chlorogenic acid (CGA) and luteoloside) [8.GydF4y2Ba]．GydF4y2Ba

植物毛状体是表皮的副产品，可以保护植物免受食草昆虫的攻击，即使在最佳条件下植物也会生长[GydF4y2Ba9.GydF4y2Ba]．有趣的是，可塑性使植物通过增加新生长叶，茎和鲜花中的毛状体的人口和密度来应对昆虫攻击[GydF4y2Ba10.GydF4y2Ba]．毛状体表现出高的形态变化，可以分为几种类别，可以是单细胞或多细胞，腺或无柔性的，以及支链或未分支。在许多植物种类中，毛状体是腺体的腺体结构，可以能够产生和储存几种有价值的次级代谢产物，例如萜烯，生物碱，酚类，甾醇和芳香油，这是不仅用于植物开发和防御的重要资源，而且是人类生活的支持和疾病的治疗[GydF4y2Ba11.GydF4y2Ba]．GydF4y2Ba

毛状体的起始和发育过程涉及一个复杂的遗传网络。我们对这一发育过程的了解仍然有限，但控制腺毛状体起始和形态发生的基因最近已被确定[GydF4y2Ba12.GydF4y2Ba]．根据表皮细胞能否分化为毛状体，可将这些基因分为激活子和抑制子。激活剂包括多聚体络合物，称为毛状激活剂络合物GydF4y2BaR2R3 MYB.GydF4y2BaGLABROUS1蛋白(GL1)、两个冗余毛状体形成bHLH蛋白GLABRA3 (GL3)和ENHANCER OF GLABRA3 (EGL3)、一个WD40重复含蛋白TRANSPARENT TESTA GLABRA 1 (TTG1)、以及促进毛状体分化的TRIPTYCHON和CAPRICE 2 (TC2)和GLABRA2 (GL2)的表达增强[GydF4y2Ba13.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba14.GydF4y2Ba]．抑制器包括Caprice（CPC），Triptychon（尝试），Triptychon和Caprice 1（ETC1），Triptychon和Caprice 2（ETC2）的增强子，Triptychon和Caprice 3（ETC3）的增强子，以及Trichomeless 1（TCL1），所有其中是成员GydF4y2BaR3 MYBGydF4y2Ba转录因子家族，也可以形成透明Testa Glabra 1（TTG1）和GL3的复合物，以抑制表皮毛细胞的分化[GydF4y2Ba15.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba16.GydF4y2Ba]．此外，最新研究报告说，HD-ZIP IV，BHLH95，Della，GL6和NCK相关蛋白1（NAP1）参与培养体引发[GydF4y2Ba12.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba17.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba18.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba19.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba20.GydF4y2Ba]，而PARC6在毛状体质体形态发生中起关键作用[GydF4y2Ba21.GydF4y2Ba]．GydF4y2Ba

细胞周期是细胞增殖的最佳阳性调节因子，它们在细胞周期过渡中的分子机制在真核生物中保守[GydF4y2Ba22.GydF4y2Ba]．据报道了这一点GydF4y2BaSlcycb2.GydF4y2Ba在生殖器官发育、多细胞毛状体形成中起关键作用[GydF4y2Ba23.GydF4y2Ba]、次生代谢产物生物合成和防御[GydF4y2Ba24.GydF4y2Ba]．研究表明GydF4y2Ba拟南芥GydF4y2BaPR基因5（CPR5）的核常素组成型表达通过核心细胞周期调节剂细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂（CKI）对培养体细胞死亡进行控制[GydF4y2Ba25.GydF4y2Ba]．植物激素在植物生长和发展中提供关键作用。最近的研究表明，嗜酸纤毛素（GA），细胞桶（CTK），茉莉酸（JA）和水杨酸（SA）的生物合成和信号转导途径参与培养体发育的启动[GydF4y2Ba13.GydF4y2Ba]．然而，植物激素有时由于竞争而具有拮抗作用。GA和CTK均能促进毛状体形成和成花诱导;然而，外源GA的应用可能会抑制CTK处理的效果，因为GAs能够阻断CTK信号[GydF4y2Ba26.GydF4y2Ba]．GydF4y2Ba

滴毛体与植物抗性和挥发性油的形成密切相关;因此，资源评估和物种鉴定是一个重要指标。但是，迄今没有报告阐明培养滴毛组的分子机制GydF4y2Ba金银花GydF4y2Ba花朵。质量GydF4y2Ba金银花GydF4y2Ba主要取决于花的发育期[GydF4y2Ba27.GydF4y2Ba]．此外，开花时间基因影响毛状体的起始[GydF4y2Ba13.GydF4y2Ba]．因此，本研究采用了不同发育阶段的“玉金1”和“达赔”花，研究了滴毛体形成的分子机制，通过形态，转录组和生物信息学等，为改善种质的种质提供了机会GydF4y2Ba金银花GydF4y2Ba通过基因工程技术，同时培育高产、优质、多抗、高效的新品种。GydF4y2Ba

形态学，密度和花滴毛组的长度GydF4y2Ba

一种新的品种优质GydF4y2Ba金银花GydF4y2Ba它的特点是花蕾大，毛状体密而长(无花果。GydF4y2Ba1GydF4y2Baa, b, c).两种植物的花毛GydF4y2Ba金银花GydF4y2Ba由腺毛头发和非腺毛的头发组成（图。GydF4y2Ba1GydF4y2Bad, e).腺毛是多细胞的，腺毛的头部含有色素。‘玉津1号’的毛柄明显较长，由2 ~ 3个细胞组成，细胞较长。GydF4y2Ba

'damaohua'和'yujin 1'的非腺毛毛发是单细胞厚壁，分别具有长或短的刷毛。与这些结果一致，我们进一步研究了它们的形态，并测量了在扫描电子显微镜下'yahaohua'和'yujin 1'的六个开花阶段的芽或花样样品的密度和长度（图。GydF4y2Ba1GydF4y2BaF，表SGydF4y2Ba1GydF4y2Ba，S.GydF4y2Ba2GydF4y2Ba）.结果表明，腺毛和非腺毛的密度在S2处最大，‘玉锦1号’和‘大茂花’在S4处差异显著(图2)。GydF4y2Ba1GydF4y2BaG）。在S2的S2，非腺毛毛发的长度最长，在S1和S2的“yujin 1”和'yujaohua'之间的腺毛的长度显着差异。此外，非腺毛毛发的长度在S5和S6的'yujin 1'和'damaohua'之间显示出显着差异（图。GydF4y2Ba1GydF4y2Bah)。GydF4y2Ba

rna序列和从头组装GydF4y2Ba

比较综合基因表达谱和两个物种的表征GydF4y2Ba金银花GydF4y2Ba在七个开发阶段，转录组测序和分析进行鲜花。在去除适配器和低质量序列之后，将清洁读入用成对末端方法中的三位一体组装成表达的序列标签簇（CONTIGS）和DE NOVO组装成转录物，其总共具有134,304个unegenes，平均长度N50的1642年BP，GC含量为45.75％（表SGydF4y2Ba3.GydF4y2Ba，S.GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba）.因此，转录组的组装质量是令人满意的。GydF4y2Ba

功能注释和分类GydF4y2Ba

组装的unigenes分别在NR、Swiss-Prot、KEGG、KOG、eggNOG、GO、Pfam等常用数据库中进行了注释，其中约66.94、46.80、26.27、35.89、61.82、43.67和0.14%的unigenes被定位(表SGydF4y2Ba5.GydF4y2Ba）.其中注释的unigenes为90,338个，占67.26%。单个数据库中NR、Swiss-Prot、KEGG、KOG、eggNOG、GO和Pfam标记的unigenes分别为5513、3、31、66、69、0、96(图1)。GydF4y2Ba2GydF4y2Ba一种）。GydF4y2Ba

7个阶段差异表达ungenes (DEGs)的比较分析GydF4y2Ba

为了解花发育过程中的功能和调控动态，采用RPKM方法对玉锦1号和大茂花7个发育阶段的DEGs表达水平进行了两两差异分析。所有关于差异表达方向的参考都是指‘玉锦1号’品种相对于‘达摩花’品种的表达。7个阶段分别有7725、7132、3290、3826、5245、8145和8907个DEGs。GydF4y2Ba2GydF4y2Bab - h)。结合各花期的DEGs，共得到33,733个DEGs。从图中可以看出，S1和S2阶段的DEGs数量高于其他阶段(图2)。GydF4y2Ba2GydF4y2Ba我)。GydF4y2Ba

Go和Kegg Pathway分析DegsGydF4y2Ba

所有转录组unigenes都被用作背景，并且在七个阶段中的次数获得了明显的富集术语（图。GydF4y2Ba1GydF4y2BaA-G）。例如，在S2，S3，S4，S5，S6和S7处富集对生物方法中包含的甲壳素的响应;植物型过敏反应富含S1，S2，S3，S4和S6;在S2，S3，S4和S6中富集和防御响应。在S1，S2，S3，S4和S6，富含细胞组分中包含的膜的膜骨，细胞壁，膜的整体组分和包含在细胞组分中的血浆膜。分子函数中包含的ADP结合富集S1，S2，S3，S4和S6;DNA结合转录因子活性富含S2，S3，S4和S6;和木糖葡聚糖：富含氧化葡聚糖转移酶活性，富含S1，S2，S5和S6。GydF4y2Ba

在KEGG途径分析中，主要的途径为:苯丙素生物合成和植物激素信号转导在各个阶段都富集;S1、S2、S3、S4、S6和S7显著富集淀粉和蔗糖代谢;α -亚麻酸代谢在S1、S2、S3、S4和S5处富集(图5)。年代GydF4y2Ba1GydF4y2Bah n,表GydF4y2Ba6.GydF4y2Ba）.GydF4y2Ba

DEG和TFS与肌瘤的滴毛组发育和QRT-PCR验证相关GydF4y2Ba

为了探讨“玉金1”与“达平华”之间培养的滴毛型发展的分子基础，我们确定了重要的功能基因GydF4y2Ba金银花GydF4y2Ba毛状体的发展。测序结果显示，160个unigenes与毛状体发育相关，其中40个(定位于19个基因)在7个阶段显著上调或下调。GydF4y2Ba3.GydF4y2Baa，b）。其中11个unigenes，包括GydF4y2Ba试一试GydF4y2Ba那GydF4y2Bak +转运生长缺陷抑制因子(skd1GydF4y2Ba）， 和GydF4y2Ba泡GydF4y2Ba涉及毛状体分支（GO：0010091），八个unigenes，包括GydF4y2BaFAS1.GydF4y2Ba那GydF4y2BaGL2.GydF4y2Ba,GydF4y2BaGDPDL3GydF4y2Ba参与毛状体分化（GO：0010026），17个unigenes，包括GydF4y2BaGTL1GydF4y2Ba那GydF4y2BaSPIRRIGGydF4y2Ba,GydF4y2BaFPP4.GydF4y2Ba参与毛状体形态发生(GO:0010090)。此外,GydF4y2BaECRGydF4y2Ba参与毛状乳头形成(GO:1905499);GydF4y2BaRAC1GydF4y2Ba参与种子培养体分化（GO：0090379）;和GydF4y2BaRNF115_126GydF4y2Ba参与毛滴伸长（GO：0090378）。在40种毛状体相关的未与生殖联合的未成年人中，29例是转录因子，属于12个转录因子家族，包括BHLH，BZIP，C2H2等（表SGydF4y2Ba7.GydF4y2Ba）.GydF4y2Ba

为了验证测序数据，我们选择了与培训型开发相关的四个unigenes，用于QRT-PCR验证。使用引物引物5.0设计引物（表S.GydF4y2Ba8.GydF4y2Ba）.一般情况下，real-time qPCR检测的表达模式与RNA-Seq检测的表达模式一致(图2)。GydF4y2Ba3.GydF4y2Bac），证实了本研究报告的RNA-SEQ结果的准确性。GydF4y2Ba

与信号转导相关的基因GydF4y2Ba

在KEGG通路分析中，富集了植物激素信号转导、磷脂酰肌醇信号系统、Wnt信号通路、腺苷单磷酸激活蛋白激酶(AMPK)信号通路、磷脂酶D信号通路、转化生长因子β (TGFβ)信号通路(图S)GydF4y2Ba2GydF4y2Ba;表S.GydF4y2Ba9.GydF4y2Ba）.其中，植物激素信号转导在毛状体发育中起着关键作用。我们的转录组数据和聚类分析显示，与植物激素相关的多个代谢相关基因被富集，相应的信号通路也被激活(图。GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba）.毛状体发育中有77、25、4和22个DEGs分别参与植物生长发育相关激素，包括生长素(indoleacetic acid, IAA)、CTK、GA和油菜素内酯(brassinosteroids, BR)。此外，毛状体发育中有37、9、17和4个DEGs分别与应激相关激素有关，包括脱落酸(ABA)、乙烯(ET)、JA和SA。GydF4y2Ba

与次级代谢物相关的degGydF4y2Ba

次生代谢产物在植物适应环境和克服逆境条件中发挥着重要作用，同时也有助于植物的特定气味、味道和颜色。腺毛可以分泌化学物质，以防止生物和非生物的压力和信号转导，包括有机酸、多糖、蛋白质、多酚、生物碱和萜类。KEGG富集的途径分析表明，S1-S7阶段富集了与植物抗病相关的苯丙素生物合成。S1、S2、S3和S6富集了与气味和味觉相关的倍半萜、三萜和单萜的生物合成。与颜色相关的黄酮类化合物的生物合成在S1处富集。与植物生长发育相关激素相关的色氨酸代谢、甘油脂代谢、萜类主链和油菜素内酯的生物合成在不同时期均富集。类胡萝卜素的生物合成、半胱氨酸和蛋氨酸的代谢、不饱和脂肪酸和苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸也在不同阶段富集(表)GydF4y2Ba1GydF4y2Ba,表GydF4y2Ba10.GydF4y2Ba）.GydF4y2Ba

细胞周期相关的基因GydF4y2Ba

毛状体的发展与细胞周期密切相关。Kegg分析表明，在细胞周期中涉及82个unigenes，其可以映射到45个基因中（图。GydF4y2Ba5.GydF4y2Ba一种）。在这些当中，GydF4y2BaAPC11GydF4y2Ba那GydF4y2BaCDC7.GydF4y2Ba那GydF4y2BaCDC53GydF4y2Ba那GydF4y2BaCDC54GydF4y2Ba,GydF4y2BaCDC47GydF4y2Ba在S1中上调，而GydF4y2BaCDK2.GydF4y2Ba被下调;GydF4y2BaCDC7.GydF4y2Ba那GydF4y2BaCDC45GydF4y2Ba那GydF4y2BaGSK3BGydF4y2Ba那GydF4y2BaYWHAEGydF4y2Ba,GydF4y2BaMCM2GydF4y2Ba在S2中调节，没有基因进行下调;GydF4y2BaMCM6GydF4y2Ba和GydF4y2Ba相关的GydF4y2Ba在S3中上调;GydF4y2Ba相关的GydF4y2Ba那GydF4y2BaCDK2.GydF4y2Ba那GydF4y2BaBUB1.GydF4y2Ba,GydF4y2BaORC1.GydF4y2Ba在S4中调高;在S5中不需要基因;GydF4y2BaRBX1.GydF4y2Ba那GydF4y2BaCCNAGydF4y2Ba那GydF4y2BaSKP1.GydF4y2Ba,GydF4y2BaMCM2GydF4y2Ba在S6上调，有重要的是GydF4y2BaCDK2.GydF4y2Ba表达被下调;和35个基因，包括GydF4y2BaCCNB.GydF4y2Ba，在S7中上调，只有GydF4y2BaBUB1.GydF4y2Ba那GydF4y2BaTFDP1GydF4y2Ba,GydF4y2BaGSK3BGydF4y2Ba被抑制(图。GydF4y2Ba5.GydF4y2Bab）。GydF4y2Ba

与植物抗性相关的基因GydF4y2Ba

腺体的毛状体在保护植物免受生物和非生物胁迫方面发挥着重要作用。We compared the expression of plant resistance genes (PRGs) at different flowering stages of ‘Yujin 1’ vs ‘Damaohua’, and found that a total of 2616 DEGs annotated to the PRG database and distributed across 13 classes, including CN, CNL, Mlo-like, N, NL, Pto-like, RLK, RLK-GNK2, RLP, RPW8-NL, T, TN, TNL, and unknown (Table S11). Among these, the distribution of PRGs in the RLP class was the highest, with the TNL class being second; However, the proportion of up-regulated PRGs was highest in the TNL class (Fig.6.GydF4y2Ba）.GydF4y2Ba

这GydF4y2Ba金发氏粳稻GydF4y2BaThunb.GydF4y2Ba．GydF4y2Ba花是多年生，常绿，缠绕的翅膀，具有双舌花，打开白色并淡入黄色，这已经用于治疗多年的各种疾病，其潜在的效果在许多研究中描述了[GydF4y2Ba3.GydF4y2Ba]．毛状体是表皮突起，保护植物免受食草昆虫攻击的影响，即使在最佳条件下种植植物时也会发展GydF4y2Ba28.GydF4y2Ba]．毛状体也出现在花上GydF4y2Ba金银花GydF4y2Ba．在许多植物物种中，毛状体是腺状的多细胞结构，能够产生、分布和储存有毒物质以抵御昆虫的攻击[GydF4y2Ba29.GydF4y2Ba];然而GydF4y2Ba金银花GydF4y2Ba毛状体是单细胞和非腺体结构(图。GydF4y2Ba1GydF4y2Ba）.新品种的高品质GydF4y2Ba金银花GydF4y2Ba被称为“玉金1”，由我们的研究小组确定和创建，这具有较大的花蕾的特点，以及比'damaohua'更长的毛细胞。GydF4y2Ba

虽然DEGs分析了花发育过程中的9个组织和转录调控GydF4y2Ba金银花GydF4y2Ba使用RNA-SEQ进行[GydF4y2Ba27.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba30.GydF4y2Ba[不同阶段的发育滴毛瘤表达谱和花转录om的效果数据的可用性仍然有限。揭示两种物种毛状体发展的分子机制GydF4y2Ba金银花GydF4y2Ba七个阶段的花朵，进行转录组测序和分析。使用Illumina RNA-SEQ方法，我们获得了134,304个unigenes，其中90,338（67.26％）覆盖了植物的整个生命周期。基于这些转录组数据，我们获得了在七个开花阶段差异表达的33,733个候选基因。GydF4y2Ba

目前，国内外对毛状体的形成和发展进行了广泛的研究GydF4y2Ba拟南芥蒂利亚纳GydF4y2Ba．他们发现毛滴体的形成和发育由Ga和CTK信号传导，以及包括MyB，BHLH，C2H2的转录因子[GydF4y2Ba13.GydF4y2Ba]．测序结果显示，在七个阶段明显上调40分（映射到19个基因）;其中29其中是转录因子。通过GIS CLADE基因的转录调节，GA和CTK激素的调节受到GA和CTK激素的影响：GydF4y2BaGIS.GydF4y2Ba那GydF4y2BaGIS2GydF4y2Ba,GydF4y2BaZFP8.GydF4y2Ba[GydF4y2Ba13.GydF4y2Ba]．滴毛组活化剂GL2由GIS2和ZFP8激活，而GIS呈正质调节培养基活化复合物-G1，TTG1M和GL3 / EGL3的一些成员，其又触发GL2，同时触发R3-MYB阻遏物基因。包括CPC，ETC1，ETC2等的R3-MYB成员，TCL1，TCL2，并尝试用作培养滴注体的启动压缩机[GydF4y2Ba13.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba31.GydF4y2Ba]．GTL1在分支后培养的培养基开发阶段存在于核中，其失去功能导致核DNA含量的增加;但是，只有在完成分支的那些毛状体中[GydF4y2Ba32.GydF4y2Ba]．ECR，又称eceriferum 10 (CER10)，代表一种新的等位基因GydF4y2BaGLH6.GydF4y2Ba，促进Trichom乳头发育[GydF4y2Ba33.GydF4y2Ba]．据报道，ABIL3基因的MicroRNA倒闭导致扭曲的培养体表型[GydF4y2Ba34.GydF4y2Ba]．在本研究中，GA和CTK信号通路的大部分unigenes在S1位点上调，而表达GydF4y2BaGL2.GydF4y2Ba那GydF4y2BaGTL1GydF4y2Ba,GydF4y2Ba试一试GydF4y2Ba在S1处下调。然而,GydF4y2BaAbil3.GydF4y2Ba和GydF4y2BaECRGydF4y2Ba在S1中显着增加，这可能导致'yujin 1'的滴毛组是更密集的。GydF4y2Ba

相对于其尺寸的腺体毛状体的一个关键和独特的特征是合成和分泌大量数量的代谢物的能力：主要是Terpenoids，但也是苯丙醇和黄酮类化合物[GydF4y2Ba11.GydF4y2Ba]．本研究筛选了与花的气味、味道、颜色和植物激素生物合成相关的几个基因，并提出了倍半萜类、三萜类、单萜类、黄酮类以及不同花期植物激素生物合成途径。在毛状体发育的早期阶段，AtSKD1参与液泡蛋白的运输，进而维持植物细胞的中央大液泡[GydF4y2Ba35.GydF4y2Ba]．表达式GydF4y2BaSKD1.GydF4y2Ba在S2和S3上上调，其可能与腺体毛状体中代谢物的分泌相关。GydF4y2Ba

毛状体的发展与细胞周期密切相关[GydF4y2Ba36.GydF4y2Ba]．据报道，SLCYCB2在生殖器官发展中发挥着关键作用，多细胞培养体启动和次生代谢物生物合成[GydF4y2Ba24.GydF4y2Ba]．在本研究中，CCNB从S1-6没有改变，而GydF4y2BaAPC11GydF4y2Ba那GydF4y2BaCDC7.GydF4y2Ba那GydF4y2BaCDC47GydF4y2Ba那GydF4y2BaCDC53GydF4y2Ba,GydF4y2BaCDC54GydF4y2Ba在S1上调节，CDK2下调。据报道，促进复合体/环体（APC / C）（APC11）的后期对细胞循环同步在胚乳中是关键的GydF4y2Ba拟南芥蒂利亚纳GydF4y2Ba[GydF4y2Ba37.GydF4y2Ba]．上调的表达GydF4y2BaAPC11GydF4y2Ba可能与‘玉津1号’的密度密切相关。的角色GydF4y2BaCDC7.GydF4y2Ba那GydF4y2BaCDC47GydF4y2Ba那GydF4y2BaCDC53GydF4y2Ba,GydF4y2BaCDC54GydF4y2Ba在植物中很少报道，这是一个进一步研究。GydF4y2Ba

植物毛状体经常通过空间障碍作为抵御生物和非生物压力的第一道防线[GydF4y2Ba38.GydF4y2Ba]．在这项研究中，我们将植物抗性基因（PRGS）的表达与“玉金1”与'damaohua'的不同开花阶段的表达进行了比较，发现共有2616例PRGS。同时，在S1和S2中还富集了相关的茉莉酸信号传导途径和乙烯信号传导途径，这可能与“裕金1”的增加的抗性密切相关。GydF4y2Ba

这项工作首先提出了两个基因组的比较转录组分析GydF4y2Ba金银花GydF4y2Ba栽培品种，朝着开花期发生的培养基发育的生物过程和功能基因活性。本研究提供了在七个发展阶段期间的花发育表达谱的全面表征GydF4y2Ba金银花GydF4y2Ba并且筛选的几个基因可能涉及气味，口味，颜色和植物激素的花卉生物合成，以及筛窦萜类化合物，三萜，单萜类细胞，黄酮类和植物激素的所提出的生物合成途径。此外，将82次分配给细胞循环，预测2616作为植物抗性基因。总之，本研究为鉴定提供了理论依据GydF4y2Ba金发氏粳稻GydF4y2Ba研究。为进一步研究其特异特性的分子机理奠定了坚实的理论基础。具有重要的理论和应用价值。在后续工作中，将对所选基因进行遗传转化和表型鉴定，进一步研究其对毛状体发育的影响。GydF4y2Ba

植物材料GydF4y2Ba

两个品种的GydF4y2Ba金银花GydF4y2Ba分别是在河南师范大学生命科学学院资源园(N35°18 ' 13.71″，E113°55 ' 15.05)上生长的5年品种‘大茂花’和‘玉锦1号’。“大茂花”和“玉金1号”被中国河南师范大学的Li鉴定为金银花。从5个植株中分别采集了大茂花和玉锦1号的7个花期的鲜芽或花，分别为:(S1)幼芽期;(S2)三个绿色阶段;(S3)两个白人阶段;(S4)大白阶段;(S5)银阶段;(S6)黄金阶段;(S7)消退阶段。在样品采集过程中，将5种植物的花组合成一个代表每个阶段的生物重复，进行3个独立的重复。 Partial flower materials were flash frozen in liquid nitrogen following collection and stored at − 80 °C.

显微镜和扫描电子显微镜观察毛状体GydF4y2Ba

将S3的两种品种的新鲜芽或花朵切成切片并在显微镜滑块上加入蒸馏水，用于观察和摄影。此外，我们使用了扫描电子显微镜（SEM）（TM3030Plus，Hitachi，日本）来观察胎儿的安排GydF4y2Ba金银花GydF4y2Ba芽或花样。根据Ning等人概述的方法。[GydF4y2Ba39.GydF4y2Ba]，芽或花样品(3 mm × 3 mm)在磷酸盐缓冲液(pH 7.3)中分别浸泡3次1 min。样本然后转移到2.5%戊二醛溶液在4°C > 24 h,然后脱水使用一系列的乙醇(30、50、70、80、90、95、100和100%)混合物为30分钟在4°C,分别,紧随其后的是一系列的叔丁醇(70、80、90,100%)混合物在室温下20分钟去除乙醇。样品在冷冻干燥箱(VFD21S)中4℃干燥30分钟后，喷涂12.5-15 nm金层，使用扫描电子显微镜从多个不同角度检查/拍照。每个样本重复这个过程3次，选择5个位置进行图像采集，测量腺毛和非腺毛的密度和长度。GydF4y2Ba

RNA分离与文库构建GydF4y2Ba

在制造商的协议之后使用Mirvana miRNA隔离套件（AMBION）提取总RNA [GydF4y2Ba40GydF4y2Ba]．使用Agilent 2100 Bioanalyzer（Agilent Technologies，Santa Clara，Ca，USA）评估RNA完整性。具有RNA完整性数（rin）≥7的样品进行进一步分析。通过使用寡核苷酸（DT）的珠子从总RNA分离每个样品的mRNA，并用碎片缓冲液加入以将mRNA切割成短片段，然后用作合成第一链cDNA的模板随机六甲基底漆。根据制造商的说明，使用Truseq Stranded MRNA Ltsample Prep Kit（Illumina，San Diego，CA）开发了这些库。GydF4y2Ba

测序，de novo集装和注释GydF4y2Ba

使用Illumina Hiseq x十个序列仪（Illumina Inc.，USA）和150bp成对结束读数进行测序。CDNA文库的制备和测序在上海OE BIOTECH进行。中国上海有限公司。使用TrimMomatic进行处理原始数据（rawreads）[GydF4y2Ba41.GydF4y2Ba]．删除包含ploy-N和低质量读的读，以获得干净的读。在去除适配器和低质量序列后，clean reads被组装成表达序列标签簇(contigs)， de novo使用Trinity [GydF4y2Ba42.GydF4y2Ba[版本:trinityrnaseq_r20131110)在对端方法。根据序列的相似性和长度选择最长的转录本作为单基因进行后续分析。GydF4y2Ba

unigenes的功能作为NCBI非冗余蛋白（NR），真核完整基因组（Kog），基因本体（GO），Swiss-prot，基因进化族裔的簇，基因的群集：非监督的正非群体（eggnog）和京都基因和基因组（Kegg）数据库的京都百科全书使用钻石软件，并由Hmmer映射到PFAM数据库。搜索使用BLASTX进行[GydF4y2Ba43.GydF4y2Ba，其阈值为10GydF4y2Ba^{- 5GydF4y2Ba}．GydF4y2Ba

Unigene定量、差异表达Unigene (DEGs)分析、聚类分析、GO和KEGG富集GydF4y2Ba

FPKM [GydF4y2Ba44GydF4y2Ba]和每个unigene的读计数值使用bowtie2 [GydF4y2Ba45GydF4y2Ba]并表达[GydF4y2Ba46GydF4y2Ba]．使用DESeq识别deg [GydF4y2Ba47GydF4y2Ba]功能估计大小因子和Nbinom测试。这GydF4y2BaP.GydF4y2Ba值<0.05和折叠> 2或折叠折叠<0.5被设置为显着差异表达的阈值。进行分层DEGS集群分析以探索转录表达式模式。通过基于超高度分布，可以分别进行富集和Kegg途径浓缩分析。GydF4y2Ba

转录因子（TFS）的鉴定和表达分析GydF4y2Ba

planttfdb（GydF4y2Bahttp://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/index.php.GydF4y2Ba）是一种植物转录因子数据库，包括来自165种植物物种的58种植物转录因子家族的序列[GydF4y2Ba48GydF4y2Ba]．将unigenes序列Blastx与转录因子数据库进行比对，筛选出E值小于1e-5的最佳序列作为unigene的注释信息。包含DNA结合域的候选区域通过GO注释进行识别，最终进行TF鉴定。利用每百万片段映射转录本每千碱基片段值(FPKM)鉴定样品间差异表达的转录因子(DETFs)， |log2(fold change)| > 1，GydF4y2BaP.GydF4y2Ba值≤0.05且GydF4y2Ba问：GydF4y2Ba值≤0.05[GydF4y2Ba49GydF4y2Ba]．GydF4y2Ba

植物抗性基因鉴定及表达分析（PRGS）GydF4y2Ba

植物抗性基因资料库(GydF4y2Bahttp://prgdb.crg.eu/wiki/main_page.GydF4y2Ba)含有112个以上抗性基因，104,335个候选抗性基因[GydF4y2Ba50GydF4y2Ba]．根据具体的领域，prg被分为15类(不含Unknown)功能，其定义可在GydF4y2Bahttp://prgdb.crg.eu/wiki/Category:ClassesGydF4y2Ba．unigenes序列经Blastx与PRG数据库进行比对，E值均小于10GydF4y2Ba^{- 5GydF4y2Ba}被筛选为Unigene的注释信息。PRG的表达分析与TFS相同。GydF4y2Ba

QRT-PCR.GydF4y2Ba

与RNA-SEQ实验相同的RNA样品用于QRT-PCR。使用Nanodrop 2000分光光度计（Thermo Sciencific，USA）测定RNA的产率，并使用溴化乙锭染色的琼脂糖凝胶电泳评估完整性。使用两步反应过程进行定量：逆转录（RT）和PCR进行。使用2进行量化GydF4y2Ba^{−ΔΔCTGydF4y2Ba}方法，数据归一化为ACT2/7转录本[GydF4y2Ba51GydF4y2Ba]．GydF4y2Ba

统计分析GydF4y2Ba

显著性差异采用单因素方差分析和土耳其检验计算，显著性水平为GydF4y2BaP.GydF4y2Ba ≤ 0.05 andP.GydF4y2Ba ≤ 0.01 using SPSS 19.0 software. All expression analyses were performed in three replicates. The reported values represented arithmetic averages of three replicates, and the data was expressed as a mean plus or minus standard deviation (mean ± SD).

在当前研究中使用和分析的数据集可从合理的请求上获得相应的作者。在项目PrJNA637952下的NCBI序列读取归档中已沉积序列（GydF4y2Bahttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/prjna637952GydF4y2Ba）.GydF4y2Ba

阿巴：GydF4y2Ba

脱落酸GydF4y2Ba

BR：GydF4y2Ba

芸苔类固醇GydF4y2Ba

注册会计师:GydF4y2Ba

绿原酸GydF4y2Ba

与原:GydF4y2Ba

cytokinine.GydF4y2Ba

度:GydF4y2Ba

差异表达unigenesGydF4y2Ba

等：GydF4y2Ba

乙烯GydF4y2Ba

遗传算法:GydF4y2Ba

吉布林素GydF4y2Ba

国际宇航科学院:GydF4y2Ba

IndoleaceticGydF4y2Ba

JA：GydF4y2Ba

茉莉酸GydF4y2Ba

PRGS：GydF4y2Ba

植物抗性基因GydF4y2Ba

SA：GydF4y2Ba

水杨酸GydF4y2Ba

我们感谢Frank Boehm先生为此稿件的语言编辑工作。Frank Boehm是一个天然的加拿大，他与Lakehead University和Guelph大学合作。GydF4y2Ba

2017年中国中医公共卫生服务支持这项工作[（2017年）66]，河南省企业技术创新指导特殊项目（172107000031）和全基因组和转录组测序的项目GydF4y2BaLonicera japonica thunb.GydF4y2Ba．资助方不参与研究的设计、数据的收集、分析和解释，也不参与手稿的准备。GydF4y2Ba

从属关系GydF4y2Ba

1. 绿色医学生物技术河南工程实验室，河南省河南省河南省生命科学学院，河南省河南省河南省河南省生命科学院校工程技术研究中心GydF4y2Ba

   建君李和明林叶GydF4y2Ba

2. 河南师范大学生命科学学院，细胞分化与调控国家重点实验室，河南新乡GydF4y2Ba

   崔昌张GydF4y2Ba

贡献GydF4y2Ba

李建军构思和设计实验，修改手稿并贡献数据解释，常春芳分析所有数据并撰写和修改手稿。叶春林做了一些实验，分析了数据，并为植物材料的制备做出了贡献。所有的作者阅读并批准了最终的手稿。GydF4y2Ba

相应的作者GydF4y2Ba

对应于GydF4y2BaJianjun李GydF4y2Ba要么GydF4y2Ba崔昌张GydF4y2Ba．GydF4y2Ba

伦理批准和同意参与GydF4y2Ba

不适用。GydF4y2Ba

同意出版物GydF4y2Ba

不适用。GydF4y2Ba

利益争夺GydF4y2Ba

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