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表3重复序列菠萝comosus叶绿体基因组

来自:MD-2菠萝叶绿体全基因组序列及其与其他9种菊科植物的比较分析

不。 类型 位置 地区 重复单元 期大小(bp) 拷贝数
1 T trnS-GCU和trnG-GCC LSC TACATTAAACAATATTAAAT 20. 2
2 D psbI和trnG-GCC psbE和petL LSC TAAAAATATATATATATATATAAATATATTATAGTA 36 2
3. T accD和psaI LSC TAATTAAGATAGACAA 16 2
4 T accD和psaI LSC TTTTCATAAGAAAACTCCT 18 2
5 T accD和psaI LSC ATTTGAGATTTCCAAATAATA 20. 2
6 P accD和psaI LSC GTATAATATGAAGTTTGAATAT 22 2
7 T clpP(内含子) LSC TTAGGACAAAATTGTATCTC 20. 2
8 T clpP(内含子) LSC AGTAATAGTAGGTATAA 17 3.
9 T ndhB和trnL-CAA 爱尔兰共和军 GTCATTCAAGCGTAT 15 2
10 T ndhC和trnV-UAC LSC ATTCTAAATAATAAAAG 17 2
11 T ndhF和rpl32 SSC TATTTATTAGATTTTGC 16 2
12 T ndhF和rpl33 SSC TCGGAAATCTTATGATACTCCTT 23 2
13 T petD(内含子) LSC TTATATGGGTTTATTTCTGTTA 22 2
14 P 以季戊四醇四硝酸酯和psbM LSC CTAAAGAGTGGTAGAAAGGACTA 24 2
15 D psaB (CDS)及psaA (CDS) LSC TGCAATAGCTAAATGATGATGAGCAATATCGGTCA 34 2
16 P psbA LSC AAAAAATACCCAATATCTTGT 21 2
17 P psbT和psbH LSC ATTGAAGTAATGAGCCTCCCA 21 2
18 T rbcL和accD LSC TATATACAAG 10 5
19 T rpoC2 (CDS) LSC TGTCTCATGTAAATT 15 2
20. T rps11 (CDS) LSC TACGCCCATTCTTACGTGAACCAA 24 2
21 P trnD-GUC和trnE-UUC LSC TTTCATGATACTTTACTTA 19 2
22 T trnF-GAA和ndhJ LSC TATTCTATTTCGTCA 15 2
23 T trnL-CAA ndhB IRB ACATACGCTTGAATG 15 2
24 P ycf1 (CDS) SSC TTTTATTTTGACTTGTATTTTTAT 22 2
25 T ycf15和trnL-CAA IRB GAATAACTAAAGAAAATAGATA 22 2
26 T ycf15和trnL-CAA 爱尔兰共和军 TCTATCTATTTTCTTTACTTAT 22 2
27 T ycf2 (CDS) IRB TTTGTCCAAGTCACTTCTCTT 21 3.
28 T ycf2 (CDS) IRB /爱尔兰共和军 CTTTTTGTCCAAGTCACTTCC 21 3.
29 T ycf2 (CDS) IRB /爱尔兰共和军 GATATCGATATTGATGATAGTGAC 24 2
30. T ycf2 (CDS) 爱尔兰共和军 GAAGTGACTTGGACAAAAAGA 21 3.
31 付款交单 ycf3(内含子)petB(内含子)rps12和trnV-GAC LSC /爱尔兰共和军/ IRB CCAGAACCGTACATGAGATTTTCATCTCATACGGCTCCTC 39 3.
  1. *区域列中的字母T、D、P分别表示串联重复、分散重复和回文重复。IRA、IRB、LSC、SSC分别代表倒置区A、倒置区B、长单拷贝和短单拷贝。所有重复的位置都在基因间间隔区,除非另有说明